В мир автоспорта Алан пришел очень рано. В детстве он занимался картингом, неоднократно выигрывал титулы в различных картинговых чемпионатах. В конце 1980-х годов участвовал в соревнованиях Formula Ford и Formula Opel, был вице-чемпионом Великобритании в Формуле-3.
Позже выступал в Формуле-3000. В 1990 году стал тест-пилотом команды Формулы-1 McLaren, в 1993-96 годах занимал аналогичную должность в команде Benetton. В 1998 году участвовал в чемпионате FIA GT, выиграл гонку 24 часа Ле-Мана в классе GT1 на Porsche. В 2000 году выиграл Американскую серию Ле-Ман, выступая за команду Audi.
В 2001 году вновь вернулся в Формулу-1, став тест-пилотом команды Toyota, годом спустя – основным пилотом команды. В 2003 году был тест-пилотом команды Renault. С 2004 года возобновил выступления в кузовных гонках и гонках спортпрототипов. Алан Макниш — двукратный чемпион серии American Le Mans и двукратный победитель гонки «24 часа Ле-Мана».